El 16 de octubre de 1973, Jorge Peña Hen fue torturado y fusilado junto a otros 14 prisioneros por militares de la Caravana de la Muerte. Sin embargo, su legado se mantiene vigente hasta la actualidad, pues la labor del talentoso músico fue de vital importancia en la docencia y las artes a los niños y niñas del país.

Peña Hen promovió la creación de la Sociedad Juan Sebastián Bach, que sería centro y motor de la actividad musical en La Serena y alrededores. En 1952 fundó la Orquesta de Cámara de la Sociedad, formada principalmente por músicos aficionados. La dirigió, como también dirigió el Coro Polifónico de la Sociedad, que creó en 1955. Hasta entonces, en los conciertos que regularmente organizaba la Sociedad Bach cantaban sólo colegiales de los Liceos de Niñas y de Hombres de La Serena, donde Jorge Peña era profesor de música.

Luego en 1956 consiguió la creación del Conservatorio Regional de La Serena, dependiente de la Universidad de Chile, organismo que también dirigió. Tres años después, los esfuerzos de Peña lograron que se diera un paso importante con la creación de la Orquesta Filarmónica de La Serena, agrupación ahora profesional. En 1961, el incansable Maestro organizó la Orquesta de Cámara de Antofagasta, conjunto al que asesoró y que algunos años después pasaría a constituirse en la Orquesta Filarmónica de esa ciudad. En 1964 consiguió la creación de la Escuela Experimental de Música y, poco después, el establecimiento de planteles semejantes de Ovalle y Copiapó.

Su Plan Docente Experimental, dirigido a la enseñanza masiva de la música a alumnos de la educación primaria, fue aplicado con éxito y de esa experiencia surgieron las condiciones para la creación de la Orquesta Sinfónica de Niños, primer conjunto de esa especie en el país. En esta labor, se aunaron la pasión pedagógica de Jorge Peña, su sentido social y su amor por los niños.